Широкие слои населения Гаити критиковали правительственный совет за неспособность начать реформы, за подчинение политики военным и предпринимательским кругам США, за жестокое подавление забастовок и демонстраций. Вместе с тем, несмотря авторитаризм нового правительства, гаитянцы в полной мере воспользовались вновь обретенными свободой слова и собраний. На референдуме в марте 1987 была принята новая конституция, ограничившая центральную власть. В соответствии с конституцией был создан независимый совет для проведения выборов в ноябре 1987. Однако армия блокировала работу этого общественного органа. В день выборов солдаты при поддержке дювальистских головорезов устроили погромы на избирательных участках и сорвали выборы. В январе 1988 армейские круги организовали новые выборы и при многочисленных нарушениях провели гражданского президента Лесли Манигата. Через четыре месяца, как только Манигат попытался реформировать армию, он был смещен военщиной, и власть захватил военный совет во главе с генералом Намфи, которого гаитянцы прозвали Намфи II.

Открытая диктатура Намфи вскоре оказалась невыносимой даже для военщины. Каплей, переполнившей чашу терпения, стал налет солдат и дювальистских головорезов на церковь, в которой Жан Бертран Аристид, представитель т.н. «теологии освобождения», проводил воскресную мессу. Солдаты убили по крайней мере 13 прихожан и сожгли церковь, сам Аристид и его помощники едва спаслись. Неделю спустя, в сентябре 1988, Намфи был смещен, и его место занял генерал Проспер Авриль, финансовый советник при обоих Дювалье.

Вскоре стало очевидно, что Авриль стремится лишь к упрочению собственной власти. В конце 1989 три лидера оппозиции были арестованы и избиты, позже по приказу Авриля подверглись аресту и жестокому избиению еще тридцать оппозиционеров. Авриль ввел цензуру средств массовой информации и отменил некоторые положения конституции 1987. Мировое общественное мнение резко осудило эти действия; в Гаити начала шириться волна протестов. В марте 1990 Авриль был вынужден уйти в отставку и эмигрировал во Флориду. Временным президентом стала Эрта Паскаль-Труйо. Государственный совет (19 мест) был сформирован из региональных представителей и лидеров демократических движений. В задачу временного президента и правительства входили подготовка и проведение свободных выборов.

Несмотря на спровоцированные уличные волнения, коррупцию в высших эшелонах власти и злоупотребления военных, Труйо оставалась на своем посту и не отступала от намерений провести подлинно демократические выборы под наблюдением международной комиссии. На выборах 16 декабря 1990 65% голосов набрал отец Аристид, выставивший свою кандидатуру всего за два месяца до голосования. На посту президента он попытался оздоровить государственный аппарат, провести военную реформу и пресечь деятельность наркоторговцев, превративших Гаити в свою перевалочную базу. Армия и высшие властные круги составили заговор и свергли Аристида во время кровопролитного военного переворота 29 сентября 1991. Во главе заговорщиков стояли бригадный генерал (позже генерал-лейтенант) Рауль Седра, которого Аристид назначил начальником генерального штаба, и правая рука Седра начальник полиции майор (позже подполковник) Жозеф Мишель Франсуа. Аристид нашел убежище за пределами Гаити. Седра передал номинальную власть бывшему судье, избранному законодательным собранием временным президентом. США, ООН и Организация Американских Государств (ОАГ) отказались признать новое правительство Гаити.