Исследователь и завоеватель Перу, Франсиско Писарро Гонсалес родился городе Трухильо в Эстремадуре, современная Испания, приблизительно в 1471 (или 1475). Он был незаконным сыном Гонсалес Писарро Родригес де Агилар , который как полковник пехоты впоследствии служил в Италии вместе с Гонсалесом Фернандес де Кардоба в Наварре. 

О юных годах Франсиско Писарро Гонсалеса ведомостей не осталось. Известно лишь то,  что он не имел должного внимания и не получил образования.

Вскоре после того, как новости об открытии Нового Мира достигли Севильи,  Франсиско отправился через Атлантику. Там он в 1510году как принял участие в экспедиции от Гаити до Ураба вместе с Алонсо де Охеда, который поручился за него после неудачного урегулирования конфликта в Сан-Себастьяне. Также Писарро сопровождал Васко Нунеса де Бальбоа в его путешествии по исследованию Tихого океана.

Спустя некоторое время после этой экспедиции Писарро получил землю в Панаме и занялся сельским хозяйством. Здесь в 1522 познакомился с священником Фернано де Луке, и солдатом Диего Альмагро. Писарро, Альмагро и Луке впоследствии намеревались завоевать и разделить между собой самые богатые земли Южной Америки.