Строительство в 1647-1650-х годах церкви Ильи Пророка благословили царь Алексей Михайлович и патриарх Иосиф. Асимметричная композиция храма с четырехъярусной шатровой колокольней дошла до нас в первозданном виде. Роспись, напоминающая огромный многоцветный ковер, жизнерадостна, полна динамики, содержит много бытовых сцен. Внутреннее убранство храма дополняют золоченый резной иконостас с коллекцией древнейших икон, расписные порталы и изразцовый фриз, богатая церковная утварь. Церковь Ильи Пророка - яркий пример ярославского архитектурного стиля XVII века.

Храмовый ансамбль церкви Рождества Христова (XVII в.) сооружен в 1636 - 1644 годах на месте деревянного храма, в котором во время осады города поляками в 1609 г. хранилась икона Казанской Божьей Матери. Главный Казанский придел завершается ажурным крестом, являющимся одним из лучших образцов искусства ярославских кузнецов и медников. Колокольня храма высотой 38 метров - уникальный памятник, не имеющий аналогов в русской архитектуре. В одном здании соединены Святые ворота, надвратная церковь и венчающая ее колокольня, имевшая раньше часы. Храм расписан в 1683- 1684 годах.

Церковь Богоявления (1684 - 1693) стала одним из первых бесстолпных храмов Ярославля, в архитектуре которой прослеживается влияние московского зодчества. Церковь выделяется нарядной отделкой фасадов и полихромными изразцами. Храм расписан в 1692-1693 годах ярославскими мастерами.

Церковь Николы Надеина (1620-1622 гг.) - первый после Смутного времени каменный посадский храм Ярославля. Она заложила основы самобытной ярославской школы культового зодчества XVII века. В храме установлен иконостас (2-ая пол. XVIII в.), выполненный по рисунку основателя первого русского театра Ф. Г. Волкова.

Церковь Николы Рубленого - единственная сохранившаяся церковь Ярославского кремля XVII века. Пятиглавый, трапезного типа храм с высокой шатровой колокольней, скромный по декору, выделяется среди других храмов города гармоничностью и изысканностью пропорций и служит лучшим украшением Которосльной набережной.

От древних кремлевских построек до нашего времени дошли также Митрополичьи палаты - редкий памятник дворцовой архитектуры, которые выстроены в 1680-х годах для ростовского митрополита.

Из 16 городских башен, возведенных в 1658-1668 годах, остались Арсенальная (Волжская) и Знаменская (Власьевская) башни. Лучше сохранилась Знаменская башня, имеющая градообразующее значение.

Петропавловская церковь (1736-1742 гг.) является не характерным сооружением для русской провинции. Обликом она напоминает одноименный храм в Петропавловской крепости Санкт-Петербурга и окружена одним из старейших в России парковым ансамблем, заложенным в этот же период.

В 1891-1895 годах был создан новый ансамбль церкви Сретенья. Он радует глаз богатством кирпичного декора, повторяющего древнерусские формы. Особой известностью пользуется часовня, построенная также в "русском стиле" и получившая впоследствии название святого Александра Невского.