После пожара 1501 года были вновь отстроены в камне монастырские постройки: Спасо-Преображенский собор (1506-1516 гг., расписан в 1563-1564 гг.), Святые ворота (1516 г.), звонница, трапезная палата с Крестовой (Рождественской) церковью. По указу Ивана Грозного в 1550-1580 годах монастырь впервые был обнесен каменной стеной. Именно от стен монастыря в 1612 году ополчение Минина и Пожарского отправилось на освобождение Москвы. Весной 1613 года он стал местом пребывания основателя династии Романовых - Михаила Федоровича.

В XVII веке монастырь перестраивается, сооружаются кельи, покои настоятеля. Символом победы над врагом явился новый храм Входа Господа в Иерусалим. В 1787 году монастырь был упразднен и превращен в резиденцию архиепископов ярославских и ростовских. В богатой библиотеке здесь был обнаружен в 1780-е годы список древнерусской поэмы "Слово о полку Игореве".

Ансамбль Толгского монастыря (XVII - XIX вв.) - расположен на левом берегу Волги в пределах городской черты. Толгский мужской монастырь - один из древнейших на Руси - был основан в начале XIV в. ростовским епископом Трифоном по случаю явления ему иконы Пресвятой Богородицы. День явления иконы - 19 августа (1314 г.) - стал торжественным праздником Толгской обители.

Памятником Смутному времени служит Крестовоздвиженская церковь с трапезной палатой (1620-е гг.) и сооруженным позднее приделом Толгской Богоматери. В 1670 - 1730-е годы складывается существующий ансамбль: Никольская церковь со Святыми воротами, Настоятельский корпус, новый Введенский собор, стены и башни.

Толгская святая обитель связана с именами знатных людей земли Русской. Здесь принял в 1681 году обряд последнего причастия опальный патриарх Никон, нашли упокоение представители древних княжеских родов - Голицыны, Вяземские, Троекуровы, Урусовы, погребены ярославский генерал - губернатор А. П. Мельгунов, герой Отечественной войны 1812 года генерал Н. А. Тучков. В канун 1000-летия Крещения Руси в 1987 году началось возрождение обители уже как женского монастыря. Сегодня в Толгском Свято-Введенском женском монастыре живет более 100 сестер. Идет реставрация Крестовоздвиженского храма, создана библиотека. Организован церковный хор.

Замечательный по своей красоте храмовый комплекс в Коровниках (сер. XVII-XVIII вв.) украшал Коровницкую слободу, располагавшуюся в устье реки Которосли. Наиболее древнее сооружение комплекса - холодный храм Иоанна Златоуста, построенный в 1649-1654 годах, отличается богатым декоративным убранством восточного фасада и исключительной пропорциональностью.

Теплый храм Владимирской Божьей Матери выстроен в 1669 году. На оси двух храмов стоит колокольня высотой 37 м (1680-е гг.), являющаяся композиционным центром ансамбля. За высоту и стройность силуэта горожане называют ее "ярославской свечой". Весь ансамбль обрамлен оградой со Святыми воротами (конец XVII в.), выполненными в стиле нарышкинского барокко. В настоящее время храмовый комплекс передан общине старообрядческой церкви и в нем ведутся службы.

Церковь Иоанна Предтечи - вершина ярославского зодчества XVII века, памятник мирового значения, рекомендованный ЮНЕСКО для показа туристам. Грандиозная по размерам, фантастическая по силуэту своих 15 глав - церковь ослепляет роскошью и обилием изразцов, кирпичных узоров и росписей. Храм расписан в 1694-1695, 1700-х годах артелью из 16 лучших ярославских мастеров. Это настоящая энциклопедия евангельских и библейских сюжетов, не знающая равных в мировом искусстве.