Япония располагается в трех климатических поясах, причем большая часть страны лежит в зонах умеренного и субтропического климата. На Хоккайдо и севере Хонсю – лето сухое, похожее на среднеевропейское. В южной части Хонсю, а также на Сикоку и Кюсю летом очень жарко и влажно, в течение многих недель климат носит тропический характер.

Зима в Японии проявляется также весьма разносторонне: начиная с субарктического дыхания на Хоккайдо, спускаясь южнее вдоль западного побережья острова Хонсю, она все больше утрачивает свою суровость и приносит обильные снегопады. Пока Хоккайдо и север Хонсю завалены трехметровым слоем снега, остальная часть страны избавлена от этой участи, а на юге и юго-западе даже солнечно и сухо. Несмотря на снежную зиму на северо-западе, с географической точки зрения Япония – южная страна; так, например, Саппоро расположен на одной параллели с Римом.

В начале июля на Кюсю начинается период летних муссонов и ливневых дождей, но постепенно тучи уходят на север и добираются к середине июля до Хоккайдо. После сезона дождей остается жаркая и влажная погода, которая тяжело переносится не только приезжими. Поэтому июль и август не самое удачное время для поездки в Японию, несмотря на то, что прежде возникавшие довольно часто августовские тайфуны в последнее время обходят Японию стороной.

Самые лучшие месяцы для туристов – апрель/май и сентябрь/октябрь. Остается только выбирать между завораживающем цветением сакуры и неописуемым великолепием красок осеннего леса. Благоприятны также ноябрь и декабрь, только дни уже короче и вечерами становится прохладно.

Природа Японии также разнообразна. Как и её климат. Примерно 60% площади Японии покрыто лесами. Флора Японии отличается большим видовым разнообразием и включает 2750 видов, в том числе 168 древесных пород. На Японских о-вах встречаются растения, характерные для тропической, субтропической и умеренной зон.

На о-вах Рюкю (Нансей) распространены влажные тропические леса, в которых растут пальмы (аренга, ливистона, сахарная, саговая, катеху), древовидный папоротник циатея, саговник, многоплодник (подокарпус), банан, фикус и др., в горах – вечнозеленые дубы и такие тропические хвойные, как сосна акамацу, пихта мами, тсуга. Многочисленны лианы и эпифиты, главным образом папоротники. На о.Яку сохранились естественные леса из японской криптомерии, отдельным деревьям которой, достигающим 40–50 м в высоту и 5 м в диаметре, уже около 2000 лет.

В южных районах о.Кюсю на морском побережье местами сохранились тропические леса, а вечнозеленые субтропические леса на этом острове поднимаются примерно до 1000 м. Кроме того, субтропические леса распространены на о.Сикоку и на юге о.Хонсю. В них доминируют вечнозеленые дубы и эндемичные виды сосен, кипарисов, криптомерии, многоплодники, туи. В подлеске растут гардении, азалии, аралии, магнолии. В прошлом на юге Японии имели широкое распространение лавровые леса, в которых доминировали камфорный лавр, камелия японская и чайный куст. В настоящее время лавровые леса произрастают на о.Хонсю. Среди древесных пород в них преобладают камфорный лавр, кастанопсис длиннозаостренный, вечнозеленые дубы (острый, сизый и др.), бадьян (иллициум) анисовый, камелия, различные виды симплокоса. В субтропической зоне местами сохранились рощи гингко и бамбука.

К северу от Японских Альп на о.Хонсю и в южной половине о.Хоккайдо простираются широколиственные листопадные леса, в которых доминируют бук японский и городчатый, дуб зубчатый и крупнопильчатый, обычны каштан городчатый, или японский, много видов клена, ясеня и липы, вязы, береза, граб японский, хмелеграб японский, дзельква остролистная, или японская, многоплодник сумахолистный. Несколько выше на горных склонах растут хвойно-широколиственные леса, в которых из хвойных присутствуют криптомерия (высотой до 45 м), кипарисовик, тсуга Зиболда, разнолистная и Бларингемса, лжетсуга японская, тис остроконечный, или японский, и другие породы. Выше 500 м над у.м. на о.Хоккайдо эти леса сменяются елово-пихтовыми горнотаежными с бамбуком в нижнем ярусе. Некоторые горы на о.Хонсю, в том числе Фудзияма, и центральный горный массив на о.Хоккайдо вздымаются выше верхней границы леса. Там распространены заросли рододендрона, кедровый стланик, верещатники, субальпийские и альпийские луга.

Японии вследствие ее островного положения обеднен по сравнению с материковой Азией и отличается довольно высоким эндемизмом (40%). Многие наземные млекопитающие представлены более мелкими формами, чем на материке. Их обычно считают японскими подвидами. Поскольку природные условия страны довольно разнообразны, в фауне Японии присутствуют виды, присущие тропическим, субтропическим, бореальным и горным лесам.

Для Японии характерны существенные различия животного мира разных островов, массовое распространение вплоть до 40° с.ш. обезьян (японского макака, численность которого оценивается в 40–60 тыс. особей), значительное видовое разнообразие птиц (особенно водоплавающих). Кроме того, в Японии останавливается на пролете большое число перелетных пернатых. Пресмыкающиеся немногочисленны; ядовитых змей всего два вида, особенно опасен тригоноцефал.