Морской транспорт играет важную роль в транспортной системе России (о его значении говорит тот факт, что протяженность морских границ России - 44 300 км (общая протяженность - 58 600 км)): он стоит на третьем месте по грузообороту после железнодорожного и трубопроводного транспорта.

В отличие от других видов транспорта морскими судами перевозят главным образом экспортно-импортные грузы. Внешние (заграничные) перевозки грузов преобладают. Внутренние (каботажные) перевозки большого значения не имеют, за исключением побережий Тихого и Северного Ледовитого океанов. Среди каботажных перевозок главную роль играет малый каботаж, или плавание вдоль своих берегов в пределах одного или двух смежных морских бассейнов. Большой каботаж - плавание судов между портами России, лежащими в разных морских бассейнах, разделенных береговыми территориями других государств - имеет меньшее значение.

Морской транспорт по многим технико-экономическим показателям превосходит другие виды транспорта: морские перевозки на большие расстояния более дешевые; морские суда, особенно танкеры, отличаются самой большой единичной грузоподъемностью, а морские пути - практически неограниченной пропускной способностью; удельная энергоемкость перевозок невелика.

В то же время зависимость морского транспорта от природных условий (особенно в условиях замерзания морской акватории), необходимость создания на морских побережьях сложного и дорогостоящего портового хозяйства, удаленность от морских побережий основных экономических районов и центров страны, относительно слабые экономические и внешнеторговые связи со странами, расположенными за пределами Европы, ограничивают сферу его применения в России.

Резко сократили возможности использования морского транспорта в международной торговле изменения в геополитическом положении России, так как большая часть крупных и хорошо оснащенных морских портов Черноморского и Балтийского бассейнов отошла к другим государствам.

По тоннажу российский торговый флот занимает седьмое место в мире (16,5 млн. т дедвейта), но большая часть судов настолько физически изношена, что не позволяет многим из них заходить в иностранные порты. Из 5,6 тыс. судов 46% относятся к рыболовным и рыботранспортным, 1,1 тыс. судов предназначена для перевозки генеральных грузов, 245 судов - нефтетанкеры. Флоту не хватает судов современных типов, таких как лихтеровозы, контейнеровозы, суда комбинированного типа, морские паромы, суда типа «ро-ро» (т.е. с горизонтальной погрузкой и выгрузкой).

В бассейне Северного Ледовитого океана (третье место по объемам отправленных грузов) выделяются два порта - Мурманск (Баренцево море) и Архангельск (Белое море); важное значение для обеспечения районов Крайнего Севера России имеют порты Диксон, Дудинка, Игарка, Тикси, Певек, расположенных на трассе Северного Морского Пути. В наиболее грузонапряженном западном секторе Севморпути (Мурманск - Дудинка) с помощью атомных ледоколов налажена круглогодичная навигация. На восточном участке (от Диксона до бухты Провидения) навигация ведется эпизодически.