Благодаря ровному климату и плодородным почвам на Кубе произрастает более 3000 видов тропических плодовых растений и цветов. В некоторых более влажных горных районах встречаются леса из красного дерева, гуаякового, кампешевого дерева и цедрелы. Из ценных пород более всего распространена королевская пальма.

На Кубе обитает примерно 200 видов птиц и множество разнообразных насекомых. Здесь встречаются грызуны цепкохвостые хутии (род Capromys) и насекомоядный кубинский щелезуб (Solenodon cubanus). На острове представлены несколько родов летучих мышей, а у побережья и в реках обитает американский ламантин (Trichechus manatus). В качестве охотничьей дичи интродуцированы олени. Из рептилий водятся аллигаторы, игуаны и другие ящерицы, а также несколько видов неядовитых змей. В озерах карстовых пещер обитают слепые рыбы и креветки.