Практически вся растительность сосредоточена в дельте Нила, нильской долине и оазисах. Наиболее распространенное дерево - финиковая пальма. Среди других растений: сикомор, тамариск, акация, кипарис, мимоза, миртовое дерево. Папирус, ранее росший в большинстве мест, теперь остался только на юге. Из-за засушливого климата животных в Египте немного.

В пустынях обитают газель, пустынная лисица, гиена, шакал, дикий осел, кабан, тушканчик, египетский мангуст. В древности в Ниле водилось большое количество крокодилов и гиппопотамов, теперь они обитают в верховьях Нила. Среди рептилий несколько видов ящериц и ядовитых змей, в том числе рогатая гадюка и кобра. В Египте, в основном в дельте Нила, обитает около 300 видов птиц, в том числе пеликан, фламинго, цапля, нектарница, иволга, эгретка, сокол, орел, стервятник. Большое количество насекомых, а в пустынных регионах - скорпионов. В Ниле и озерах региона дельты обитает около 100 видов рыб.