Сейчас можно вполне уверенно утверждать, что первопричиной опустынивания Сахары была хозяйственная деятельность человека. Этот процесс начался много тысячелетий назад, еще во времена охотников каменного века. Охотничьи племена постоянно используют огонь для разных целей: для загонной охоты, выжигания лесных массивов, в ритуальных целях. Когда в сухой сезон они поджигали сухую траву, начинались крупные пожары. Судя по обнаруженным следам стоянок, территория Сахары, которую тогда занимала саванна, была достаточно плотно заселена.

Когда местные охотники резко уменьшили поголовье крупных диких животных, наступила эпоха скотоводов (этот переход со всей очевидностью отразили фрески Сахары), в результате перевыпаса и выжигания земель под пастбища почвы Сахары еще более оскудели, эрозия распространилась на огромные территории, стали появляться массивы оголенных песков, а многие реки и озера пересохли. Люди и домашние животные вынуждены были концентрироваться в отдельных наиболее благоприятных для обитания очагах, но в итоге оскудели и эти территории.