Первым председателем переходного Президентского совета, состоявшего из 5 членов, был подполковник (позднее генерал) Салех, его заместителем – аль-Бейд из бывшей НДРЙ. Президентский совет сформировал временный совещательный политический орган в составе 45 членов (20 от Юга и 25 от Севера), в который вошли известные племенные и религиозные лидеры. Новым премьер-министром стал Абу Бакр аль-Аттас, бывший премьер-министр НДРЙ. Был образован Консультативный совет в составе 301 члена, в который вошли 159 парламентариев бывшей ЙАР и 111 парламентариев бывшей НДРЙ, а также 31 вновь назначенный депутат, включая некоторых деятелей оппозиции.

К сентябрю 1990 в стране были сформированы 30 новых партий – от либералов до традиционалистов и исламистов (наиболее известным движением является Йеменское объединение в защиту реформ («Ислах»), в которое вошли представители различных племенных и религиозных групп). В мае 1991 перед общенародным референдумом по новой конституции республики члены «Ислах» и «Братьев-мусульман» (лидер шейх Абдель Хамид Зайдани) организовали демонстрации, призывая к бойкоту референдума на том основании, что в проекте конституции недостаточно учитывалась роль ислама. Тем не менее конституция, основанная на положениях, одобренных руководством ЙАР и НДРЙ, была принята 15–16 мая 1991.

Первоначально вся полнота власти в Йеменской республике была сосредоточена в руках небольшого числа высших руководителей, в частности президента Салеха. Общенациональные выборы были проведены в течение первых двух месяцев 1993. На 301 место в Консультативном совете претендовали приблизительно 4730 кандидатов. Всеобщий народный конгресс завоевал 123 места, «Ислах» – 62, Йеменская социалистическая партия (ЙСП) – 56, остальные места заняли независимые кандидаты. ЙСП получила большинство своих мест в парламенте в округах на территории бывшей НДРЙ. В августе 1993 генеральный секретарь ЦК ЙСП аль-Бейд после встречи с вице-президентом США Албертом Гором в Вашингтоне возвратился в Аден, столицу бывшей НДРЙ, а не в Сану и начал открыто выступать против того, что он назвал «маргинализацией Юга». По итогам выборов 1993 четыре пятых мест в Совете министров получили представители Севера. Аль-Бейд заявил, что после объединения были убиты 150 членов ЙСП, и потребовал от руководства страны объяснений о расходовании средств, получаемых правительством от экспорта нефти.

Выступления аль-Бейда положили начало расколу между лидерами Севера и Юга. К ноябрю 1993 появились сообщения, что вооруженные силы бывших НДРЙ и ЙАР развертываются вдоль бывшей границы. В январе 1994 представители основных политических партий подписали в Аммане (Иордания) «Документ о намерениях и согласии». Соглашение предусматривало определенную децентрализацию власти, а также содержало обещание пересмотреть экономическую политику и конституцию. Однако политические усилия по мирному разрешению конфликта оказались неэффективными, и 27 апреля 1994 в районе Амрана произошло сражение между армиями ЙАР и НДРЙ. В дальнейшем вооруженные столкновения произошли в окрестностях Адена и в Дамаре, ракетами были обстреляны цели в Сане, Адене и некоторых других местах. После того как южане потерпели ряд поражений, военные действия сосредоточились в районе Адена.

21 мая 1994 аль-Бейд провозгласил создание новой Демократической Республики Йемен (ДРЙ). Президент Салех не признал эту декларацию и ввел чрезвычайное положение, приказав продолжить наступление на Аден. ООН в своей резолюции № 924 потребовала прекратить огонь и направила в страну комиссию по расследованию ситуации. Но 7 июля 1994 Аден был взят, и гражданская война таким образом фактически закончилась.

На состоявшихся 27 апреля 1997 выборах Всеобщий народный конгресс увеличил свое представительство в Консультативном совете с 123 до 187, тогда как «Ислах» получила только 53 места (вместо 62 в 1993). Независимые получили 54 места, а остальные места получили насеристы и партия БААС. В октябре 1996 президент Салех назначил премьер-министром Абд аль-Азиза Абд аль-Гани (бывшего члена переходного Президентского совета). После апрельских выборов Абд аль-Гани ушел в отставку, а его место занял Фарах Саид бен Ганим, политический деятель, не принадлежавший ни к одной из партий. На первом заседании Консультативного совета его председателем был переизбран лидер партии «Ислах» шейх Абдаллах бен Хусейн аль-Ахмар. В апреле 1998 Бен Ганим ушел в отставку, а новым премьер-министром стал его заместитель и министр иностранных дел Абд аль-Керим аль-Арьяни.